Susunan organisasi Dinas Perikanan Kabupaten Bekasi, terdiri dari :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretaris, membawahkan :
1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
2. Ketua Tim Perencanaan dan Keuangan.
c. Bidang Perikanan Budidaya, membawahkan :
1. Katua Tim Teknologi Budidaya Ikan;
2. Ketua Tim Sarana Budidaya Ikan;
3. Ketua Tim Kesehatan Ikan dan Lingkungan;
d. Bidang Perikanan Tangkap, membawahkan :
1. Ketua Tim Penangkapan Ikan;
2. Ketua Tim Pengelolaan Sumber Daya Ikan;
3. Ketua Tim Pemberdayaan Nelayan;
e. Bidang Penguatan Daya Saing, membawahkan:
1. Ketua Tim Kemitraan dan Promosi;
2. Ketua Tim Bina Mutu dan Disversifikasi;
3. Ketua Tim Pengembangan Usaha Perikanan;
f. Unit Pelaksana Teknis Dinas.